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我是萨沙，我来回答。
古代日本人矮，有这几方面原因。
第一，遗传。
日本人历史上就没有高过，这主要是遗传因素。
根据史学家的统计，在战国时代，日本男人的平均身高仅为1米57左右。
江户时期也差不多，男性平均身高为1米55到1米58，女性只有1米43到1米46。
因为是在1米57 上下浮动，当然会有些很矮的人。
在战国时期，日本男人中颇有一些身高仅仅1米5左右的人，今天来说就是侏儒。
“疾如风，徐如林，不动如山”多么威猛！然而，大名武田信玄只有1米53。
狡猾如狐狸，刚猛如狮子的德川家康，身高不过1米53。
至于丰臣秀吉更是夸张，一说他的身高只有1米40。
以上如果还算夸张，更夸张的是被称为巨人的织田信长。根据甲胄分析，织田信张身高不过1米70！
第二，岛国封闭。
历史学家发现，封闭岛屿上的物种，通常比较弱。
太平洋很多岛屿上的动物，都比大陆上同类动物要弱小。
一说是因为过于封闭，导致物种近亲繁殖，缺少远处强大的基因库。
日本几千年是高度封闭的，最多只和朝鲜半岛有过交流。
不但是日本的人，日本的马也很烂。
日本马属于蒙古马的一种，由于常年生长在封闭环境，非常矮小瘦弱，像驴子一样，远不如大陆上的蒙古马。
第三，饮食原因。
日本古代统治者和老百姓都笃行佛教，曾经长期吃素。
同时，由于岛国农业落后，畜牧业不发达，日本人缺乏肉类来源。
比如日本人直到明治维新时期，才掌握了对动物的阉割技术。在没掌握这种技术之前，很多牲畜的肉比较腥臊，是不好吃的。
另外，中国人吃的很多的猪肉，在日本却很少见。因为日本文化中，野猪属于山神，不能随便吃，加上没有阉割猪的技术，野猪肉非常难吃，也就没有人去吃了。
人长期不吃肉，会缺乏蛋白质和多种人体必需的物质，导致发育滞后，身高自然就矮了。。
原本亚洲东部的人，身高就不是很高，而日本人在东亚地区算是最矮的，目前日本年轻人的平均身高被中韩超过，在东亚居末，而在古代，日本更因其个子矮，被称作“倭”。
清末有本书叫《断头台》，里面介绍日本，用的是“多则是三尺顽躯”，而明清时期的一尺只有31公分，三尺还不到一米。
无独有偶，唐朝的《酉阳杂俎》也描述了差不多的事情，都说日本人的身高是非常矮小的。
日本在被称作日本以前，中原对其主要的称呼除了东瀛之外，那就是“倭”，而这个字据说就是因为当地人的身高实在是太矮小，所以中原就用“倭”来称呼。
根据日本自身发布的数据，古代很多的名人都个子很矮，像是武田信玄，身高才一米五三，而第一代的征夷大将军德川家康，也没有到一米六。
第五代的德川幕府将军德川纲吉，因为患有疾病，其身高更是只有一米二四。
当然，也不是完全没有例外，像是丰臣秀吉的儿子丰臣秀赖，据说有接近两米的身高，而像是织田信长也算古代比较高大的日本人了，有一米七的样子。
如果见过二战期间的日本兵照片，也还是能够看得出其身高实在是非常矮的，当年绝大多数的日本兵身高都只在一米六不到的样子，一米五不到的也是一抓一大把。
如果好奇古代的日本人为什么这么矮，首先就是其人种，日本人的先祖都来自于海外，尤其是中原的百越、战国的中原诸侯，还有南洋的马来人等等，非常复杂。
那时候的人，普遍都是比较矮的，能够拥有孔子那样身高的，并不是很常见。
与中原地区不同，日本是个孤岛，在经济与科技不发达的时代，与外界相对来往比较少的日本资源匮乏，灾害很多，出产的资源很难供应所有人的生存发展。
因为资源非常稀少，尤其是食物，因此古代的日本人生活条件也是很差的，而缺乏足够的营养来源的日本人，当然也是很难长高的。
说到这方面，也不得不说古代日本，经历了上千年吃素为主的岁月，因为佛教的传入，日本天武天皇就正式颁布《杀生禁断令》，几乎断掉了日本人吃肉的文化。
从奈良时代到近代明治维新以前，日本人几乎是不吃陆地肉类的。
像是猪肉、羊肉、马肉、牛肉、鸡肉之类都是被禁止食用的，人们即便吃动物性食物，也几乎都是鱼类，除此之外，几乎就是米饭与蔬菜。
这样的习惯，日本人愣是坚持了上千年，直到近代，明治天皇带头喝牛奶吃牛肉才改变。
因为持续上千年吃素的习惯，导致了日本古代的人长期匮乏有效的营养素摄入，这极其严重妨碍了日本人的身高增长，近代短期之内，也没有明显改善。
不仅饮食，日本人的身高不怎么高同样跟他们的生活习惯有很大的关系，比如跪坐。
来自于中原的跪坐传入日本之后，受到了很大的欢迎，即便到了今天日本人还是很习惯在某些场合跪坐，即便这样非常难受，其实一点也不舒服。
长期的跪坐不但会让腿脚麻木，而且也影响骨骼的发育，会阻碍身高的成长。
中原地区因为胡床的传入与桌椅的普及，跪坐在南北朝以后，也基本上消失了，很少才能见到这种，而日本人把跪坐一直延续着，这是很不好的习惯。
整体来说，日本古代的人身高不高，一来是因为先天的因素，再来就是因为古代日本人的饮食习惯导致营养不够，还有不好的跪坐习惯，综合使得日本人的身高不高。
古代日本人个子一般都比较矮。其原因主要有以下几点:
人种原因。日本的人种来源，不是单一的，除了从朝鲜半岛迁移到日本去的东亚大陆人，如中国各族人、朝鲜人等以外，还有从海上迁移去的东南亚人，更有日本的原住民。
日本的原住民叫阿依努人，以前也叫虾夷人。又译作埃努人。是高加索地理人种中特殊的一支。肤色浅褐，男多髭须，波状黑发，体毛多，眼浅褐色，无蒙古褶。宽脸，两眼间距宽。男人个子一般在一米五、六，女人更矮。
从东南亚一代迁移去的人种，个子也比较矮，比阿依努人稍高一些，大约类似我国广西、云贵一代某些少数民族的个子。有日本人到我国这一代做民族考察，发现某民族的语言跟日语颇有相似之处，证明日本人与该民族有一定的渊源关系。
可以肯定的是，现在的日本人是这些从世界各处聚集在一起的人类长期融合的产物，他们的身高要受到这诸多人种遗传基因的影响。
另一个原因是饮食习惯的影响，日本原来的饮食习惯类似中国，东方式的，比较清淡，吃大米、蔬菜、鱼类。不像西方人那样主要吃牛肉牛奶，影响人的生长个头。据说，二战以后，日本学西方的生活方式，青年人的个头大大提高，已经不在中国青年之下。
以前的生活起居习惯也对人的长个儿有影响，日本人不使用桌凳，长期跽坐或者盘腿而坐，影响身体发育。
总之，日本人的个子，基因因素是主要的，其他因素是次要的。近代历史上，日本曾有人主张，鼓励日本妇女与西方人结婚，以改良日本人体质，增高日本人个子。这主张如何？第二次世界大战中，日本就抓了不少中国人到他那里，做什么配种，受尽折磨。还有个说法，到日本的中国人，跟日本人结婚是可以的，但是，当你回国时，孩子不能带走。不知此说是否真实？
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