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1、地理位置：山东农业大学位于山东泰安，齐鲁工业大学在省会济南。
齐鲁工业大学略胜。
2、办学历史：
山东农业大学前身是1906年创办于济南的山东高等农业学堂， 是一所具有百年历史的名校。 1952年10月，山东省立农学院与当时的山东大学农学院合并，调入齐鲁大学农业专科、金陵大学园艺系、南京大学园艺系果树组，组成了新的山东农学院，983年9月，改名为山东农业大学。
齐鲁工业大学历史可追溯到1948年由解放军胶东军区成立的胶东工业学校。1978年至2013年为山东轻工业学院时期，2013年更名为齐鲁工业大学；山东省科学院前身为始建于1958年的中国科学院山东分院，1979年更名为山东省科学院，是山东省政府直属事业单位。2017年5月，由齐鲁工业大学和山东省科学院整合组建齐鲁工业大学（山东省科学院）。
历史底蕴方面，虽然齐鲁工业合并了山东省科学院后实力大涨，但是还是山东农业大学胜。
3、学科实力：
山东农业大学：学校拥有12个博士后科研流动站，12个一级学科博士点，24个一级学科硕士点、2个二级学科硕士点，8个硕士专业学位授权类别，91个本科专业；有1个国家重点实验室，2个国家重点学科，2个国家工程实验室，2个国家工程技术研究中心；
齐鲁工业大学：14个硕士学位授权一级学科，93个硕士学位授权二级学科，9个工程硕士专业学位授权领域，3个艺术硕士专业学位授权领域，2个翻译硕士专业学位授权领域，1个金融硕士专业学位授权领域，75个本科专业
山东农业大学胜。
4、优势学科：
山东农业大学作物学、园艺学、植物保护、林学、农业资源与环境等专业在全国名列前矛；
齐鲁工业大学优势专业是轻工技术与工程、设计学、化学工程与技术、机械工程等。
所以，这两个学校选择的时候，建议根据想学的专业去考虑。
发展前景还是齐鲁工业大学好一点，这是新一届省委力推的山东省属大学，位置在济南，现在济南地位提升了不少，赶上了大发展。山农大受农学影响，招生就业都很一般。去青岛的路也被青岛农业大学封死了。但是院士数量还是不错的，也是一所实力行业院校。
根据2018年校友会大学排名，齐鲁工业大学位列省内第四，省属高校第一，全国128名。齐鲁工业大学近些年的排名飞速提升，得益于和山东省科学院的合并。齐鲁工业大学是一所以轻工学科为特色的院校，原名山东轻工业学院。
山东农业大学省内第六，全国135名。山东农业大学是一所百年老校，建校于1906年，目前的山东农业大学有两个国家重点学科，1个国家重点实验室。
具体哪个好要看专业喽！
山东农业大学位于泰安市，是国家重点建设大学，其重点专业主要侧重于农林业，动物医学等。齐鲁工业大学位于山东济南，原来的山东轻工业学院。理工科专业较强。造纸专业食品制造，专业酿酒专业等较为有名。
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